Bli med dyrene fra Madagaskar på rømmen i Europa! Med den oppmerksomhetssyke Kong Julien og de handlekraftige pingvinene i spissen søker hele gjengen tilflukt i et sirkus for å unnslippe kaptein Dubois fra viltnemnda og forsøke å komme seg tilbake til New York. Det blir starten på et eventyr de sent vil glemme!