Star Wars: The Clone wars finner sted i tiden mellom episode III og IV. Filmen gir gamle og unge fans et nytt møte med favorittkarakterer som Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi og Padmé Amidala, i tillegg til nye karakterer som Anakins Jedimester Ahsoka. Ondskapsfulle skurker med senator Palpatine, Count Dooku og General Grievous i spissen er ute etter å herske over galaksen. Prisen er høy og Star Wars-universets skjebne ligger i hendene til Jediridderne.