På en bondegård i Skåne bor den bråkete og ulydige 12-åringen Nils Holgersson. Som straff for sine ugjerninger mot dyrene på gården, blir han tryllet om til en liten pusling av gårdens husnisse. Fra å ha vært stor og tøff, blir han nå liten og forsvarsløs. Da han forsøker å hindre Mårten, gårdens tamme gås fra å forlate gården og isteden følge de ville gjessene nordover, blir han sittende fast i Mårtens halsbånd. Nils blir tvunget opp i luften sammen med Mårten. Dette er starten på et fantastisk eventyr for Nils som reiser fra syd i Skåne til nord i Lappland.