To prosent av jordas befolkning forsvinner plutselig og uten noen som helst forklaring. Hvorfor skjedde det? Det virker helt tilfeldig, ikke relatert til kjønn, rase, alder eller religiøs tilhørighet. Men for menneskene som blir igjen er det vanskelig å takle. Sesong 2 følger historien til to familier som har overlevd forsvinningen. Familien Garvey flytter til den lille byen Miracle for å komme unna traumene og den lokale familien Murphy som tilsynelatende har sluppet unna hendelsen som har påvirket så mange liv.