The Great Devourer har blitt beseiret, men Lord Garmadon er fortsatt på frifot, og enda verre: han har Spinjitzus fire gylne våpen. Snart styrer han både Serpentinene og ninjaenes flygende skip, «Bounty». De fire ninjaene må trene Lloyd før han skal konfrontere faren sin, men med begrensede krefter og uten et hjem blir det enda vanskeligere enn de kunne forestilt seg. Lloyd er heller ikke akkurat en stjerneelev. Garmadon er oppsatt på å forhindre at Lloyd oppnår sitt fulle potensial. Han setter ut i livet en rekke infernalske planer, inkludert fiendtlige pirater, onde kopier av de fire ninjaene og et farefullt løp gjennom hele Ninjago. Skjebnen til den grønne ninjaen er ennå ikke oppfylt.