«Legion» er basert på Marvels X-men univers og følger Charles Xaviers sønn, antihelten Legion. Mentalpasienten David Haller lider av splittet personlighet og er innlagt på en institusjon da han ved en tilfeldighet oppdager at han er en mutant med helt spesielle evner. De mange personlighetene hans har nemlig hver sin mentale superkraft, som blant annet gjør ham i stand til å beherske telepati, telekinese, psykisk manipulasjon og tidsreiser.