Det blir fullstendig kaos da skilpaddene mister 63 kapsler med mutagen over New York! De leter febrilsk for å lokalisere kapslene, men skaden har allerede skjedd. Nye trusler og muterte skurker dukker plutselig opp overalt, og skilpaddene står overfor en stor utfordring. Denne DVD-en inneholder episodene Mutasjon-situasjonen, Følg lederen, Ekornoid-invasjonen, Mutagen-mannen slippes løs og Mikey får skall-akne.