Skilpaddene finner ut om Aprils sjokkerende og hemmelige flukt, men må bekjempe nye fiender som enda en mutert skilpadde, en oppgradert Metalhead og noe sopplignende som sprer seg via kloakken før de kan se på saken. Denne DVD-en inneholder episodene Mål: April O'Neil, Slash og destruer, Kraang-konspirasjonen, Den gode, den onde og Casey Jones, Fungus Humungous, Oppgradert metallhode og Om rotter og menn.