Paddington har som kjent slått seg ned i London hos familien Brun, men i denne filmen blir vi med ham på sin første tur tilbake til Sør-Amerika og hjemlandet Peru. Når Paddington oppdager at hans elskede tante Lucy har forsvunnet fra hjemmet for pensjonerte bjørner, drar han og Brun-familien til villmarken i Peru for å lete etter henne, den eneste ledetråden til hvor hun befinner seg er et sted merket på et gåtefullt kart. Fast bestemt på å løse mysteriet, legger Paddington ut på et spennende oppdrag gjennom regnskogene i Amazonas for å finne tanten sin ... som også kan avdekke en av verdens mest legendariske skatter.