En grådig rotte og den eiendommelige kaptein Klepto setter kursen mot Atlantis. Estragon styrter i havet og tror hans siste time er kommet. Til alt hell fanges han opp av selveste kaptein Klepto med den magiske undervannsbåten Nautilus. I Estragons nærvær gjennomgår kaptein Klepto en langsom metamorfose til han selv har inntatt rotteskikkelse. Den siste keiser er tredje bok i Gaute Heivolls serie om de sju dødssyndene, fortalt av rotter. De tidløse fablene byr på humor av den mørke og absurde sorten.