Fjortenåringen Miles Morales får superkrefter etter et edderkoppbitt, og oppdager et parallelt univers hvor det finnes mer enn bare én Spider-Man. Her må han må slå seg sammen med Peter Parker og de andre Spider-folkene for å bekjempe den onde superskurken Kingpin. Kingpin vil opprette en portal til andre dimensjoner ved hjelp av en enorm innretning under Brooklyn. Samtidig som Miles kjemper sammen med sine nye allierte i kampen mot Kingpin, må han finne ut av seg selv, sine nye krefter og forholdet til sin nye skolevenninne Gwen.