I Sju dager i september forenes tre historier i en fjordbotn i Finnmark, hvor et tysk bombefly styrter med lokalbefolkningen som måpende tilskuere. Den ene historien tilhører flyets mannskap og deres intriger, lengsler og fremtidsplaner. Den andre historien er Gustav Henriksens, fisker og krigshelt fra Ullsfjord. Den tredje personen som forviller seg inn i fortellingen er Kristian Kolseth, en ung etnografistudent fra Oslo som er på feltarbeid for å studere byggeskikken til sjøsamene i Finnmark. Til sammen blir disse historiene en roman om krigens innvirkning på dagligliv og sosiale forhold, og den tar leseren med til en krigsskueplass som tidligere har fått liten oppmerksomhet.