I Retaliation blir G.I. Joe-teamet beskyldt for å ha konspirert mot fedrelandet og forsøkt terminert etter ordre fra USAs president. Men det å likvidere G.I. Joe er ikke så lett, og de overlevende bestemmer seg for å ta et oppgjør med de politiske styresmakter som ville rydde dem av banen, samtidig som de må slåss mot sine erkefiender i organisasjonen Cobra.