Anomalisa er en dukkefilm som ser på hva det faktisk vil si å være et menneske. Alle mennesker deler essensielle deler og funksjoner, men hva er det som gjør en person spesiell? Michael Stone er en forfatter som mangler empati for det meste, men et møte med en fremmed på en forretningsreise blir begynnelsen på en oppvåkning som kan endre hans enkle liv for alltid.