Det er verdens ende. Jorden har brent ned, og feberen raser gjennom befolkningen. Ut av kaoset kommer det en gutt som har krefter til å forandre alt. Thomas. Dette er begynnelsen på historien hans. I kjølvannet av The Maze Runner har The fever code alle svarene. Hvordan fant Wicked The Gladers? Hvem er gruppe B? Hvilken side er Thomas og Teresa egentlig på? Løgner vil bli avslørt. Hemmeligheter vil bli avdekket. Lojaliteten vil bli bevist.