"Moonrise kingdom" utspiller seg på en øy utenfor kysten av New England sommeren 1965, og er historien om to 12-åringer som blir forelsket, inngår en hemmelig pakt og rømmer hjemmefra sammen. Dette utløser en storstilt leteaksjon, anført av den lokale sheriffen, en speiderleder og den unge jentas foreldre. Og som ikke det var nok, så bygger det seg opp en forferdelig storm utenfor kysten. De rolige innbyggerne på øya får plutselig livet snudd opp ned.