En kveld møter Tsukioko, en kvinne i slutten av trettiårene, tilfeldigvis sin gamle lærer på en bar. Han er minst tretti år eldre enn henne, pensjonert og enslig. Tsukioko antar at han er enkemann. De to fortsetter å møtes med jevne mellomrom for å spise og drikke sake, for å få tiden til å gå sammen, uten for mange ord. Gjennom glimt fra disse møtene utvikler Merkelig vær i Tokyo seg til å bli en stillfaren kjærlighetsroman, en historie om det moderne Japan og en tradisjonell romanse.