1500-tallets Japan: Ghost, Cormac og Kate er ikke som andre barn. Ghost kan gjøre seg usynlig, Cormac kan løpe oppover vegger og Kate kan snakke med dyr. Alle disse egenskapene gjør dem til perfekte rekrutter for Black Lotus, en treningsskole for ninjaer. Men når Moon Sword, en magisk kilde til ufattelig makt, blir stjålet av en samurai, blir de tre tvunget til å sette sine ferdigheter på prøve.