Kafka Tamura rømmer fra faren på 15-årsdagen. Han tar bussen fra Tokyo og slår seg ned i et lite bibliotek på øya Takamatsu. Han blir kjent med den androgyne Oshima og den gåtefulle eldre kvinnen Saeka. Leseren får også bli kjent med Nakata, en underlig, gammel mann som har kunnet snakke med katter etter at han ble utsatt for en mystisk ulykke som liten. Kafkas og Nakatas liv veves sammen. Nakata blir innblandet i en mordhistorie som også berører Kafka, mens Kafka fortsetter å lete etter den bortkomne moren og storesøsteren sin. Han forsøker også å unngå den skjebnesvangre ødipale spådommen han alltid har hatt hengende over seg.