FBI-agenten Joe Pistone jobbet på slutten av 1970-tallet som muldvarp i mafiaen i New York under dekknavnet Donnie Brasco. Pistone var så overbevisende i sin rolle at han nådde ganske høyt opp i systemet. En dag på en kafé treffer han Lefty Ruggiero, som har vært en del av mafiaen i 30 år. Nå har han kreft, sønnen hans er avhengig av narkotika, og karrieren hans i mafiaen er på hell. Donnie blir hans redning - og hans protesjé. Lefty, som ikke vet at Donnie er FBI-agent, lærer ham alt han trenger å vite for å bli noe innenfor mafiaen. Donnie / Joe tilbringer etter hvert så mye tid sammen med Lefty at han snart ikke vet hvem han føler mest lojalitet overfor, kone, barn, fedreland eller mafiaen.