I 2029 kriger lederen av motstandsbevegelsen, John Connor, fremdeles mot maskinene. Johns frykt for at Skynet planlegger et drastisk, neste trekk, viser seg å være berettiget når TECOM-spioner avslører at Skynet planlegger å angripe John fra to fronter - både fra fortid og framtid. Lykkes de vil Skynet ha utfallet av krigen i sin hule hånd.