Piratjegerne tar oss om bord på det norske krigsskipet KNM Fridtjof Nansen og kjemikalietankeren Bow Cecil idet de får nærkontakt med pirater i Adenbukten. Filmen går dypt inn i årsakene til piratvirksomheten og avslører noen av de internasjonale forretningsinteressene bak voldshandlingene utenfor Somalia.