Miraklet i Milano handler om det naive hittebarnet Toto. Etter å ha tilbrakt hele sin oppvekst i en kirkes barnehjem forlater den unge Toto en dag de trygge og kjærlige omgivelsene for å begi seg ut i den rå virkeligheten. Han støter på en gruppe hjemløse i utkanten av Milano og bestemmer seg for å slå seg ned sammen med disse og organisere oppbygningen av et felles hjemsted – en slags egen by. En dag brytes imidlertid idyllen da det viser seg at det finnes olje på området, og de hjemløse blir forsøkt tvunget fra stedet.