Lone Survivor forteller historien om fire Navy SEAL-soldater på et skjebnesvangert oppdrag for å fange eller drepe en beryktet Talibanleder i Afghanistan. Men den lille gruppen havner i et bakholdsangrep og blir isolert og omringet av fiender på alle kanter. Oddsene er dårlige, og soldatene må gå i seg selv for å finne styrke og mot til å fortsette å kjempe for overlevelse.