Delstatspolitiet i Boston er i kamp med den irske mafiaen i byen. Da både mafiaen og politiet oppdager at de har en muldvarp i sin midte, er liv i fare. Begge må avsløre den andres eksistens for å overleve. Den unge politimannen Billy Costigan har fått i oppdrag å infiltrere mafiaen som ledes av Costello. Mens Billy raskt vinner Costellos tillit, stiger den kriminelle Colin Sullivan i gradene i delstatspolitiet. Han er en av de håndplukkede politimennene som skal ta knekken på Costello. Det hans overordnede ikke vet, er at Colin har infiltrert politiet som informant for Costello. De kjenner ikke hverandre, men begge har den samme hemmeligheten: de er muldvarper og tystere på hver sin side. Snart risikerer de å bli avslørt.