Batman og Superman settes opp mot hverandre da Batman bestemmer seg for at Supermann må kontrolleres, samtidig som Supermann manipuleres til å stoppe Batman for å redde noen han elsker. Dette skjer mens en hel verden diskuterer hva slags helter man egentlig skal ha og Lex Luthor lurer i bakgrunnen med kunnskap om kryptonitt og teknologi til å skape et monster fra verdensrommet. For å stoppe den nye trusselen må de to heltene finne ut hva de har til felles og hvordan de skal stoppe en fiende mer mektig enn verden noensinne har sett før.