Flukten til Watership er en morsom og merkelig historie om en flokk villkaniner som flykter fra hjemmet sitt på engene i Berkshire, England. Femmer, en av koloniens yngste medlemmer, oppdager et skilt der det står at det skal bygges luksusboliger på engen, og han aner uro. Femmer og hans bror Hassel prøver å overbevise deres overordnede om at de må evakuere og flykte, men klarer ikke å overbevise dem. Dermed setter de to brødrene, pluss en gruppe andre kaniner, ut på flukt fra hjemstedet for å finne et bedre sted. På vei mot målet, begynner de å innse at den sorgløse og uskyldige verden de en gang levde i er borte for alltid. Kommer de noen gang til og nå sitt nye hjem i Watership?